Stworzona przez niego wyższa szkoła talmudyczna cieszyła się ogromną sławą wśród maskilów (zwolenników oświecenia ludności żydowskiej) ze względu na swój ludowo-rewolucyjny charakter. Dzięki niej Sejny stają się centrum haskali (oświecenia) dla całej Litwy. Tu odbywały się konferencje najwybitniejszych rabinów litewskich. Wkrótce rząd carski w obawie, przed rozprzestrzenianiem się nauk Awigdora na tereny polskie i w głąb Rosji zamknął jesziwę w Sejnach a Awigdora skazał na banicję. Także w połowie XIX wieku działało w Sejnach hebrajskie gimnazjum założone przez pisarza Tuwie Pinkasa Szapiro. Była to jedna z pierwszych szkół o śieckim charakterze nauczania, gdzie obok religii uczono także geografii, matematyki, rosyjskiego i innych przedmiotów niespotykanych ówcześnie w programach szkół żydowskich. Spośród absolwentów tego gimnazjum rekrutowali się później ludzie o najświetlejszych umysłach wśród Żydów litewskich. Gimnazjum to jednakże istniało tylko kilka lat, bowiem od końca XIX wieku w budynku po gimnazjum znalazła miejsce Poczta.
Gmina sejneńska miała wyjątkowe szczęście do przywódców religijnych i duchowych społeczeństwa żydowskiego. Prawie wszyscy kolejni rabini dziewiętnastowiecznych Sejn byli wybitnymi uczonymi religijnymi poczynając od rabina Jehudy zmarłego w 1846 roku, a kończąc na rabinie Mojżeszu Becalelu Lurii - inicjatorze budowy w 1885 roku istniejącej do dzisiaj Synagogi.