Prace budowlane kościoła rozpoczęto w 1610 roku na wzgórzu leżącym między dworem a miastem. Kościół wzniesiono w ciągu 10 lat jako budynek orientowany, trójnawowy, wewnątrz wsparty na 6 filarach, z 8 oknami, z wyodrębnionym prezbiterium zamkniętym absydą. Prace wykończeniowe i wyposażenie kościoła trwało jeszcze wiele lat, ale jesienią 1619 roku w uroczystej procesji przeniesiono figurę Matki Boskiej z drewnianego kościoła św. Jerzego do kościoła klasztornego. Odbyło się pierwsze nabożeństwo, aktu konsekracji dokonał biskup Jerzy Tyszkiewicz sufragan wileński w 1632 roku.

Zwrócony prezbiterium na zachód kościół oraz przylegający do niego klasztor leżą w północno-zachodniej części miasta. Kościół założony na rzucie wydłużonego prostokąta, jest trójnawową halą poprzedzoną od frontu fasadą o dwu wieżach nieznacznie wysuniętych przed lico ścian korpusu. Do budowy kościoła dominikanie przystąpili w 1610 r. kosztem J. Grodzińskiego. Zakon zlokalizowano na wzgórzu między miastem a dotychczasowym dworem.

Klasztor z kościołem zaprojektowany około 1610r w stylu późnorenesansowym był budowany etapami przez kilkadziesiąt lat. W pierwszym etapie (1610 - 1619 r.) wzniesiono trójnawowy kościół w stylu renesansowym z wyodrębnionym prezbiterium zamkniętym apsydą, który konsekrowano dopiero w 1632r. pw.NMP, św. Jerzego i św. Jacka. W kościele znajduje się figura Matki Boskiej Sejneńskiej zakupiona przez J.Grodzińskiego 1603r. 

W latach 1619-1706 zbudowano etapami klasztor na planie czworokąta z dziedzińcem pośrodku i wieżami w narożach. Klasztor uległ przebudowie w latach 1863-1869, kiedy wymieniono dach z ceramicznego na blaszany oraz zmieniono wygląd okien. Także kościół przebudowano w 1710r w stylu późnobarokowym. Z pierwotnego wystroju zachował się jedynie późnorenesansowy szczyt nad dawną główną fasadą. Obecnie jest to bazylika pod wezwaniem Nawiedzenia NMP.