Oprócz murowanej synagogi istniały również w Sejnach dwa domy modlitwy. Synagoga była prawdopodobnie użytkowana tylko przy okazji większych świąt. W czasie II wojny światowej hitlerowcy urządzili w niej remizę strażacką. Po 1945 roku służyła kolejno jako zajezdnia samochodowa, magazyn GS i magazyn nawozów sztucznych. Kres niszczycielstwu położył remont w latach 1978 - 1982 przeprowadzony przez Pracownię Konserwacji Zabytków, podczas którego przywrócono oryginalny wygląd zewnętrzny. Jest to budowla trójnawowa, na planie prostokąta 19 m na 25,8 m. Zachowała się wnęka Aron ha-Kodesz i cztery bogato profilowane filary, między którymi niegdyś stała bima.Z oryginalnego wyposażenia synagogi nie pozostało nic, wszystko zostało wywiezione przez Niemców i rozgrabione.
Dziś tzw. "Biała Synagoga" jest oddana w użytkowanie Ośrodkowi Pogranicze i służy za miejsce spotkań i konferencji, koncertów, spektakli teatralnych i wystaw.