Dawna szkoła talmudyczna powstała prawdopodobnie z inicjatywy rabina Mojżesza Icchaka Awigdora, który objął swój urząd w Sejnach w 1864 roku. Szkoła ta cieszyła się ogromną sławą wśród maskilów - zwolenników oświecenia żydowskiego, ściągając wielu uczniów z odległych terenów Rosji i Polski. Dzięki niej Sejny - wprawdzie na krótko - stały się centrum haskali (oświecenia) dla całej Litwy.
 

Jesziwa, Heder, Liceum Hebrajskie

Tu odbywały się konferencje najwybitniejszych rabinów litewskich. Wkrótce rząd carski w obawie, przed rozprzestrzenianiem się nauk Awigdora na tereny polskie i w głąb Rosji zamknął jesziwę w Sejnach a Awigdora skazał na banicję. Także w połowie XIX wieku działało w Sejnach hebrajskie gimnazjum założone przez pisarza Tuwie Pinkasa Szapiro. Była to jedna z pierwszych szkół o świeckim charakterze nauczania, gdzie obok religii uczono także geografii, matematyki, rosyjskiego i innych przedmiotów niespotykanych ówcześnie w programach szkół żydowskich. Spośród absolwentów tego gimnazjum rekrutowali się później ludzie o najświetlejszych umysłach wśród Żydów litewskich. Gimnazjum to jednakże istniało tylko kilka lat, bowiem od końca XIX wieku w budynku po gimnazjum znalazła miejsce Poczta. 

Gmina sejneńska miała wyjątkowe szczęście do przywódców religijnych i duchowych społeczeństwa żydowskiego. Prawie wszyscy kolejni rabini dziewiętnastowiecznych Sejn byli wybitnymi uczonymi religijnymi poczynając od rabina Jehudy zmarłego w 1846 roku, a kończąc na rabinie Mojżeszu Becalelu Lurii - inicjatorze budowy w 1885 roku istniejącej do dzisiaj Synagogi.

 Pod koniec XIX i na początku XX wieku w budynku jesziwy mieścił się cheder - wyznaniowa szkoła początkowa dla chłopców. Górne piętro zajmował dom modlitwy, tu prawdopodobnie mieścił się także rabinat. Po wojnie budynek ten użytkowany był jako Zakład Produkcji Obuwia.