W dniu 7 września 1975 r. miała miejsce koronacja figury Matki Bożej Sejneńskiej. Uroczystościom przewodniczył kardynał Karol Wojtyła.
W pierwszej połowie XVII wieku miasteczko rozwijało się, stając się ośrodkiem handlowo-rzemieślniczym. W czasie potopu szwedzkiego Sejny uległy znacznym zniszczeniom. W drugiej połowie XVII w. dominikanie starali się o odbudowę miasteczka i jego rozwój.
Początek XVIII w. nie był dla Sejn najlepszym okresem. Wojna Północna i związane z nią przemarsze wojsk oraz groźne epidemie wyrządziły mieszkańcom wiele szkody.
Okres rozkwitu miasteczka nastąpił w drugiej połowie XVIII w. W tym czasie wzniesiono wiele nowych, w większości murowanych budynków. Powstały wtedy kaplica św. Agaty, ratusz, drewniana synagoga i sukiennice. W 1760 r. przebudowano kościół, nadając mu obecny wygląd. We wrześniu 1794 r. w czasie powstania kościuszkowskiego Sejny zostały zajęte przez wojska pruskie. Władze pruskie przejęły dobra należące do dominikanów i nadały Sejnom status miasta królewskiego.
W 1804 r. nastąpiła kasata klasztoru. Miasteczko znajdowało się pod panowaniem pruskim do 1807 r. W okresie istnienia Księstwa Warszawskiego było siedzibą powiatu, początkowo wigierskiego, później przemianowanego na sejneński. Stolicą powiatu było również w okresie Królestwa Polskiego. W 1816 r. miasteczko stało się siedzibą biskupstwa - stolicą diecezji sejneńskiej, i było nią do 1925 r. W latach 1897-1902 biskupem sejneńskim był Antanas Baranauskas, poeta, językoznawca, muzyk, matematyk.
W latach 1864-1918 miasteczko przeżywało okres stagnacji. Powodem był brak linii kolejowej, nie rozwinął się w nim przemysł i pozostało małym ośrodkiem usługowo-handlowym. Po zakończeniu I wojny światowej znalazło się w granicach Polski na polsko-litewskim pograniczu.
Miasteczko było stolicą powiatu w latach 1956-1975 i jest nią ponownie od 1 stycznia 1999 r. Liczy 6100 mieszkańców, a dużą ich część - ok. 20% - stanowią Litwini. W miasteczku znajduje się Dom Litewski i Konsulat Republiki Litwy. Mieszka w nim też kilka rodzin starowierców. Biała Synagoga, budynki dawnej jesziwy i dawnego gimnazjum hebrajskiego przypominają o obecności w miasteczku Żydów, społeczności, która w latach 30. XX wieku stanowiła prawie jedną czwartą jego mieszkańców, a której po tragedii wojennej już nie ma w Sejnach.
W miasteczku są zabytki: klasztorny zespół podominikański - późnorenesansowy kościół pod wezwaniem Nawiedzenia NMP z 1610-19, przebudowany w 1760 r., synagoga z 1870 r., ratusz, poewangelicki kościół, obecnie pod wezwaniem MB Częstochowskiej, z poł. XIX w. - ślad obecności luteran w Sejnach, kamieniczki z 2 poł. XIX w. Zabytkowy charakter ma też układ urbanistyczny miasteczka z XIX w.