Jest synem Bolesława Geberta (1895–1986) i Krystyny Poznańskiej-Gebert (1916–1991). W 1976 ukończył psychologię na Uniwersytecie Warszawskim. Pracował w zespole psychoterapeutycznym Synapsis w Warszawie. W 1977 był współzałożycielem tzw. Żydowskiego Uniwersytetu Latającego, w ramach którego do 1981 organizowano spotkania o historii i kulturze żydowskiej. Od 1979 do 1983 był pracownikiem Akademii Medycznej w Warszawie. We wrześniu 1980 został członkiem Niezależnego Samorządnego Związku Zawodowego Pracowników Nauki, Techniki i Oświaty (NSZZ PNTiO). Uważał, że decyzja o połączeniu NSZZ PNiTO z NSZZ „Solidarność” była błędem, gdyż korzystniejsze jest „uczenie się demokracji w mniejszym zespole” i jako jedyny delegat głosował przeciwko niej na zjeździe w październiku 1980. Po połączeniu związku z NSZZ „Solidarność” nie ubiegał się o członkostwo w „Solidarności”.
W 1982 został członkiem redakcji drugoobiegowego dwutygodnika „KOS” i publikował w nim nieprzerwanie do 1989. Swoje teksty zamieszczał także w innym pismach niezależnych, m.in. Tygodniku Mazowsze i Przeglądzie Wiadomości Agencyjnych. Najczęściej używał pseudonimu „Dawid Warszawski” (którym posługiwał się także po 1989). Był akredytowany jako dziennikarz prasy niezależnej w czasie obrad Okrągłego Stołu w 1989. Poświęcił temu wydarzeniu książkę „Mebel” (1990).
Od 1989 był dziennikarzem „Gazety Wyborczej”, z którą współpracuje w dalszym ciągu, publikując tam felietony i komentarze. W latach 1992-1993 towarzyszył Tadeuszowi Mazowieckiemu jako Specjalnemu Wysłannikowi ONZ w byłej Jugosławii w misjach do tego kraju. Wyjazdom tym poświęcił książkę „Obrona poczty sarajewskiej”. W 1997 założył miesięcznik o tematyce żydowskiej „Midrasz”, pełnił w nim funkcję redaktora naczelnego (1997-2000).
W 2011 został odznaczony Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski (2011).
Od września 2011 roku jest dyrektorem warszawskiego biura Europejskiej Rady Spraw Zagranicznych.