W latach 80-tych XIX na ok. 4500 mieszkańców Żydzi stanowili około 75 procent. W 1897 roku liczono tu 3300 Żydów, ale już w okresie międzywojennym tylko - 817 starozakonnych. Pierwszą drewnianą bóżnicę fundować mieli sami dominikanie. Według tradycji, jeden z bardziej znanych dominikanów - przeor Bortkiewicz - miał nieść tablice mojżeszowe, zawierające 10 przykazań. Miało to miejsce podczas otwarcia bóżnicy w 1788 roku. Kolejną okazalszą bóżnicę wzniesiono w 1885 roku. Koszt budowy wyniósł niebagatelną kwotę - 12000 rubli. Dla porównania Wielka Synagoga w Białymstoku wzniesiona w latach 1909-1913 kosztowała 40 000 rubli. Do 1939 roku funkcjonowały tu dwa cmentarze żydowskie. Oba w południowej cześci miasta, przy trakcie na Olszankę, tu też znajdowała się dzielnica żydowska. Cmentarz starszy z końca XVIII wieku do naszych czasów się nie dochował, drugi zaś z lat 30-tych XIX wieku istnieje w szczątkowej formie.
Tomasz Wiśniewski:"Żydzi na Suwalszczyźnie", IKS, 89 nr 2/3/4/5
Józef Adelson: Zarys dziejów Żydów w Sejnach
Pierwsze dowody istnienia skupiska żydowskiego w Sejnach datowane są na koniec XVII wieku, Z tego okresu pochodziły najstarsze inskrypcje na nieistniejących już nagrobkach cmentarza żydowskiego. W 1768 roku dominikanie zezwolili na zbudowanie bożnicy. Od tego czasu rozpoczyna się szybki proces zwiększania się ludności żydowskiej w mieście, która na początku XIX wieku stanowi ponad 50% mieszkańców i przez cały wiek waha się od 1800 do 2400 osób. Emigracja końca XIX i początku XX wieku powoduje znaczny spadek liczebności tej ludności. Przyczyny tej fali emigracyjnej były natury ekonomicznej. Ubóstwo było tak duże, że miejscowi Żydzi nie mogli sobie poradzić z utrzymaniem synagogi. Bieda panująca wśród ludności żydowskiej powodowała emigrację, tak że Sejny stanowiły raczej "stację postojową" dla jednego pokolenia w drodze ze wschodu na zachód. Według danych ostatniego przedwojennego spisu powszechnego z 1931 roku Sejny zamieszkiwało 819 Żydów, którzy stanowili 24% wszystkich mieszkańców miasta. Trudnili się oni głównie handlem, płodami rolnymi i leśnymi oraz rzemiosłem. Po zbudowaniu Kanału Augustowskiego wielu zatrudniło się jako robotnicy leśni przy transporcie i obróbce drewna.
W listopadzie 1939 roku deportowano 817 Żydów na Litwę. Po zajęciu w 1941 r. tych terenów przez Niemców zostali zamordowani.
(...) W okresie okupacji hitlerowskiej niewielka część Żydów sejneńskich uratowała się na terenie ZSRR, jeszcze inni zginęli w obozie koncentracyjnym na Majdanku, nieliczni byli w partyzantce radzieckiej i po wojnie opuścili Polskę. W ten sposób nastąpił kres prawie 300 -letniego skupiska żydowskiego w Sejnach
Rabini sejneńscy
od 1838 roku - do 1844 roku - Judel z Heszel Bachrach
0d ? - do 1846 roku - Jehuda Baruch
od 1864 roku - do ? - Mojżesz Icchak Awigdor
od 1885 - 1905 rok - Mojżesz Becalel Luria
od 1909 roku - ? - F. Epsztain
od ? - do 1920 roku - N. Kalijadycki
od 1921 - 1929 - Izaak Rajcer
od 1930 - 1938/1939 - Morduch Rogow
Dane te ustalone zostały na podstawie zgromadzonych nielicznych materiałów oraz wywiadów z odwiedzającymi Sejny potomkami Żydów sejneńskich.