Jako badacz zainteresowana jest przede wszystkim[1] antropologią religii, kultami ludowymi, pielgrzymkami, kulturą ponowoczesną, tybetanistyką, polską religijnością ludową, stosunkiem Polaków do Żydów oraz Zagładą Żydów. Laureatka nagrody Res Publiki Nowej za najlepszy esej roku 2001 oraz Nagrody im. Poli Nireńskiej i Jana Karskiego za rok 2007. Pomysłodawczyni i autorka wstępów do Serii Antropologicznej PIW (2006-). Od 2009 r. członek Rady Naukowej Żydowskiego Instytutu Historycznego.
Pracę magisterską pod tytułem Nauki Don Juana w świetle tybetańskiego buddyzmu - propozycja interpretacji obroniła w 1983.
Pogranicze wydało:
Joanna Tokarska-Bakir, Rzeczy mgliste. Sejny 2004, Pogranicze.