Głównym założeniem Zlotu Niepołomickiego jest utworzenie przestrzeni umożliwiającej spotkania ludzi działających w sektorze pozarządowym, umożliwienie im wymiany poglądów, zaprezentowania podejmowanych działań oraz przedyskutowanie ich z innymi uczestnikami spotkania, a także podjęcie wspólnych inicjatyw na przyszłość.
Jak zaznaczają organizatorzy, wydarzenie ma dość nietypową formę, ponieważ: " – z jednej strony Dni Skupienia, bo istotnie chcemy się tam skupić i osiągnąć >>inny stan skupienia<<. Z drugiej strony ma to być Zlot, a zatem – co do zasady – nie jest to zdarzenie >>za zaproszeniami<< i ma dynamiczny, otwarty charakter". Dtalego też program Zlotu jest zarysowany jedynie ramowo, cały czas jest aktualizowany.